En
los lugares de acceso más difícil pueden encontrarse
 algunos
remanentes de la fauna cubana primitiva, como son la jutía
conga (Capromys pilorides), la boa cubana, el majá de Santa
María (Epicrates angulifer) y el Anolis lucius, pequeño
lagarto endémico de Cuba.
En esta provincia una de las zonas más ricas en cuanto a
diversidad es la ciénaga de Zapata. En ella la fauna de mamíferos
es abundante en especies de roedores, como las jutías, entre
las que se destaca la jutía enana (Mesocapromys nana) y algunas
especies introducidas intencional o accidentalmente, como el venado
y puerco jíbaros. Pero sin dudas, el animal emblemático
de la región es el cocodrilo cubano (Crocodylus rombipher),
aunque también puede verse el caimán (Crocodylus acutus)
el cual puede medir hasta cuatro metros.
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